La Academia de Medicina se fundó en 1955, con orígenes en la Sociedad de Medicina y Cirugía de Manizales, creada en 1934. Desde su creación, la academia ha brindado educación médica rigurosa y de alta calidad sin interrupciones. En 2018, la academia se convirtió en un órgano de consulta de la Gobernación de Caldas y de la Dirección Territorial de Salud, demostrando su importancia en el campo de la salud.